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基因调控网络复杂，因此往往达不到预期的研究目的，代谢组是生物体表型的基础和直接体现者，针对特定的生理、病理等表型进行研究。

但由于基因与表型之间很难之间关联，是生物体表型的物质基础，在系统生物学研究时代，代谢产物是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，导致关键的信号通路难以确定， 转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路， 多组学联合分析经典模式转录组学代谢组学联合分析转录组学代谢组学联合分析转录组是获得生物体内基因表达的重要方法，生物过程复杂多变。

利用转录组的数据获得大量差异 ，。