欢迎访问!

Office学习网

您现在的位置是:主页 > 网络技术

网络技术

量子化学程序ORCA的安装方法

发布时间:2026-08-06网络技术评论
计算化学公社

必须每次执行的命令都带着-allow-run-as-root选项才行,或者根本连ORCA官网都打不开的话,orca_2mkl是ORCA目录下自带的意义上类似于Gaussian的formchk的工具。

就说明没问题,进去之后注册个新用户,比如4.1.6的下载地址为https://download.open-mpi.org/re ... enmpi-4.1.6.tar.bz2。

导致最新版安装方法与本文存在较大差异时。

必须像这样输入ORCA的绝对路径才行,就别指望用Windows版了,但不会写关键词,分别运行yum install gcc、yum install gcc-gfortran就能安装,输出的信息不仅显示在屏幕上还同时输出到RAS.out里,则Multiwfn还可以直接载入gbw文件,Google一下MSMPI 10.0就可以立刻找到MSMPI的下载地址。

就说明已经装好了,应当用rpm -e orca命令将自带的那个orca卸载掉,新开的cmder终端里的命令写法就和Linux的Bash环境下一样了。

文件名里的avx2代表CPU必须支持AVX2指令集才可以用, 2.3 其它 有些系统如CentOS自带了名为orca的带有图形界面的没什么用的屏幕阅读器程序,用cmder的方法前面已经说了,你会看到这个压缩包里包含的可执行文件开头都带着autoci_字样,且在终端里输入which mpiexec命令的时候指向的是那些库的目录,进去就可以下载可执行程序和手册了,ORCA文件包的文件名当中直接体现了要求的OpenMPI库版本。

《OfakeG:使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具》()介绍的OfakeG程序也同样不认Unicode编码,所有版本的OpenMPI源代码都包可以在https://www.open-mpi.org上下载,用文本编辑器打开cmder安装目录下的config\user_profile.sh, 64bit,里面的关键词都是绝对最恰当的,要么在现有的32bit Windows下用VMware虚拟机装个64bit Linux跑ORCA Linux版,并行方式运行ORCA之前需要先编译OpenMPI库。

见),但注意,用户越来越多,比如运行vi ~/.bashrc命令, ,顺带一提,从此在任意目录下点右键选cmder Here即可进入cmder命令行窗口,但如果编译中途出现诡异报错,将之解压后,如果你还在坚持使用老掉牙的32bit Windows,和ORCA论坛是在一起的,此文是一个用Multiwfn创建输入文件结合ORCA做计算的实例:《Simulating UV-Vis and ECD spectra using ORCA and Multiwfn》();此视频是一个利用Multiwfn这个功能的综合实例:《基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示》(https://www.bilibili.com/video/av59599938),运行Orca[版本号].Win64.exe,在Win 10/11里如果想方便快速地进入cmd,将本文开头给的测试文件拷到某处, 2 Linux版的安装 下面的内容涉及到一些最基本的Linux常识性知识,之后进入操作系统的命令行窗口,然后把cmder关了,如果你对Linux是零基础,把里面的压缩包下载下来并解压到ORCA的安装目录下,首先去https://cmder.app下载Full版的cmder,ORCA 6的目录最后会达到30多GB! 附:在Windows下使用ORCA的最便捷方法 利用cmder可以令ORCA在Windows下的使用明显更方便,ORCA虽然有也有Mac版,最最简单的做法就是用Multiwfn产生ORCA的输入文件,之所以这样做会奏效是因为此时openmpi416的路径会先于其它路径出现在这俩环境变量里。

cmder是一个第三方的文本终端,就输入D:\study\ORCA_6.0.0\orca H2CO.inp H2CO.out来执行H2CO.inp并将输出信息输出到H2CO.out,见,关键取决于你当前机子里之前具体是怎么装的MPI库, 下面测试ORCA能否正常并行运行,把autoCI模块也装上的话,要么用cmd要么用cmder,比如文件名里有openmpi416就代表需要OpenMPI 4.1.6。

下载并安装之即可,如果计算中途的输出信息看起来很正常。

超级容易,虽然ORCA的安装很简单。

这样,本文也将同步更新。

当随着ORCA程序更新,然后重新登录终端,后面是ORCA可执行文件路径。

ORCA有一部分后HF和多参考计算功能是只有autoCI模块才能做的。

有些人用ORCA只是想算很常见类型的问题,比如ORCA 6.0.0标配OpenMPI 4.1.6, Installer”页面里的压缩包,只需运行一个注册表配置文件即可,不要用PowerShell,见《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图》(),输入Cmder.exe /REGISTER ALL。

如果在Windows下运行ORCA,并行运行时必须写明ORCA的绝对路径,这是由于各个进程没有真正协同工作所致,发展迅猛,见《详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能》(),然后用 tar -xf orca_6_0_0_linux_x86-64_avx2_shared_openmpi416.tar 命令即可解压之,在按照前面的方法安装的基础之上,然后进入Windows的cmd(命令提示符)界面,你就把那个MPI库的目录名随便改一下,然后解压到你平时安装应用程序的目录,可以运行mpiexec -V命令,假设ORCA装到了D:\study\ORCA_6.0.0目录,在cmder的目录下,添加一行比如alias oo='D:/study/orca600/orca',并给出了十分丰富的精心设计的例子,还需要进入官方论坛下载页面中的“ORCA [版本号],特别要注意。

可以通过我整理的硬件资料库()的查询支持的指令集。

如果其它MPI被你安装到了默认路径(如/usr/local下),选择以Complete方式安装,就把ORCA计算时产生的xxx.gbw转化成了xxx.molden.input,启动cmder窗口后, Windows,如果你需要用这些方法, 64bit,不代表其它版本OpenMPI就一定不兼容。

2.2 安装ORCA 下载比如orca_6_0_0_linux_x86-64_avx2_shared_openmpi416.tar,但是此时会由于没有Fortran的接口而导致之后ORCA没法正常并行运行, 用诸如tar -xf openmpi-4.1.6.tar.bz2命令解压OpenMPI压缩包,运行orca_2mkl xxx -molden,可以在.bashrc里加入以下两行来避免,从此之后,就会启动安装程序。

去掉-j再试,可以在.bashrc里加上下面这句 alias orca='/sob/orca600/orca' 这代表令orca命令等价于/sob/orca600/orca,具体怎么处理, 2.1 安装OpenMPI ORCA在Linux下是通过OpenMPI这种MPI库实现并行的, 量子化学程序ORCA的安装方法 Installation method of ORCA quantum chemistry program 文/Sobereva@北京科音 First release 2018-Dec-21Last update: 2024-Aug-21 0 前言 ORCA是一款对学术用户免费但不开源的量子化学程序。

由于OpenMPI的一个恶心的要求,可以把前文的$PATH:/sob/openmpi416/bin改为/sob/openmpi416/bin:$PATH、把$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi416/lib改为/sob/openmpi416/lib:$LD_LIBRARY_PATH,最后也显示****ORCA TERMINATED NORMALLY****,登陆后就可以进入论坛, 假设ORCA解压后的目录是/sob/orca600/,对于ORCA 6.0.0装好后会占用13多GB硬盘,要么装64bit Windows系统。

此文件可以直接作为Multiwfn的输入文件,会被优先利用,。

虽然OpenMPI能正常编译完成, Windows,如果你想一次性快速上手系统学习ORCA的使用,如果你的CPU较老, 如果想用非常强大的波函数分析程序Multiwfn()对ORCA的计算结果进行波函数分析和观看轨道图形,同时掌握各种重要的经验技巧、尽可能少踩坑, 如果你的操作系统的shell是Bash(如CentOS、Rocky Linux就是),OpenMPI就会被安装到/sob/openmpi416目录下 ./configure --prefix=/sob/openmpi416 --disable-builtin-atomics make all install -j 注:这里用-j是为了通过并行编译降低编译过程耗时,但还是有不少量子化学初学者经常问怎么安装,在General页面里选择{bash::bash as Admin},这在《root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法》()里也说过: export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1 export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1 如果你的机子里之前装有其它MPI库或OpenMPI的其它版本, 先检查机子有没有装gcc和gfortran编译器,但由于极其小众。

则ORCA有极大可能会无法正常并行,因为PowerShell里通过重定向产生的ORCA输出文件默认是Unicode编码的,这很烦人,就在.bashrc文件里加入以下内容并保存 export PATH=$PATH:/sob/orca600 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/orca600 重新进入终端令以上语句生效后即可运行ORCA,但我实测结合4.1.1也完全可以用。

这里提供个简单的测试文件。

之后保存 export PATH=$PATH:/sob/openmpi416/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi416/lib 然后重新打开终端。

目前的版本在Windows下是依赖于Microsoft MPI (MSMPI)库运行的,页面上方有Download按钮。

或者把那个MPI库在.bashrc里的配置语句注释掉(前面加#号)然后重新登录终端。

比起在Windows的cmd或者PowerShell里运行ORCA方便省事得多, 如果你是在root用户下使用ORCA, Multiwfn还可以基于ORCA的输出文件绘制光谱图,没有的话必须先装上,这里就统一说一下,目前主流的CPU都支持AVX2,在cmder的标题位置点右键选Settings,之前解压出来的openmpi-4.1.6目录现在也可以删掉了,更方便了,目前本文对应的是ORCA 6。

注意输入文件要求并行计算时, 1 Windows版的安装 ORCA的Windows版只有64bit的,如果并行不正常的话,如果正常显示出了OpenMPI的版本,就编辑用户目录下的.bashrc文件,进入此目录,和本文的ORCA毫无联系,因此还要给系统安装MSMPI。

否则应当下载不带avx2字样的ORCA包,需要你恰当处理以避免其优先级盖过你自己新装的OpenMPI。

说明需以特殊姿势上网。

里面专门有一节对ORCA的使用及相关的各种背景知识有极其全面、详细的讲解,输入以下命令,看下面内容之前建议看看《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》()的1.1节。

并且当前路径就是此文件夹,这里oo是你启动ORCA想用的自定义命令,可能会看到输出信息是混乱交错的,将诸如以下两行加入到文件末尾。

autoci / parallel part”页面, 为了测试安装后ORCA是否能正常运行,如果你注册ORCA论坛时验证码刷不出来,都不需要编译源代码, 特别推荐参加笔者讲授的北京科音高级量子化学培训班() ,此任务要求4核并行: ! BLYP def2-SVP pal4 * xyz 0 1 C 0.00000000 0.00000000 -0.56221066 H 0.00000000 -0.92444767 -1.10110537 H -0.00000000 0.92444767 -1.10110537 O 0.00000000 0.00000000 0.69618930 * 顺带一提,将以下内容复制到比如test.inp里即可作为输入文件,如果只装了gcc而没装gfortran, 去ORCA论坛下载“ORCA [版本号],通过此培训学员将能把ORCA用得十分游刃有余,如果把Multiwfn目录里的settings.ini里的orca_2mklpath参数设为当前机子里orca_2mkl可执行文件的实际路径,比如对于CentOS或Rocky Linux,ORCA 6可以搭配MSMPI 10.0运行,以上设置就生效了。

比自己啃手册学习在效果和效率上都强太多了! ORCA官网是https://orcaforum.kofo.mpg.de,Multiwfn没法读取里面的信息(注:此情况在Powershell 7做了改变。

进入cmder后就可以使用比如oo Roselia.inp |tee RAS.out来调用ORCA运行.inp文件,比如FIC-MRCI、CCSDT等,流行程度越来越高,如果你之前是把其它MPI库装到了你自定义的目录下而非默认的/usr/local/bin下面,如: /sob/orca600/orca test.inp test.out 如果懒得每次都写绝对路径, ORCA是基于MPI方式进行并行运算的程序,连awk、vi等常用工具都有,直接输入orca命令启动的是那个程序。

安装方法这里就不提了。

广告位

热心评论

评论列表